Tư tưởng Minh Sư Đạo có nguồn gốc từ phái Phật Đường, theo tinh thần Tam giáo: thờ Phật nhưng mục đích hướng đến là tu Tiên và sinh hoạt theo tư tưởng Nho Giáo. Giáo lý có hai phần: phần đốn giáo với chủ trương phổ độ chúng sinh, phần tiệm giáo đề cao thuyết Di Lặc, tạo niềm tin, sự chờ đợi về một đấng cứu thế.[2]

Minh Sư đạo chia thế giới thành ba cõi: Hạ giới là cõi âm phủ, Trung giới là thế giới loài người, Thượng giới là cõi trời. Ngọc Hoàng Thượng đế là vị ngự trị ở cõi trời, nhưng quyền năng chưởng quản hai thế giới còn lại. Còn chư Phật và các vị Bồ Tát ở cõi Tây Phương, các vị Thần Tiên ở cõi Bồng Lai.

Giáo lý mang tính căn bản nhất là chia thời gian thành ba kỳ tức Tam nguyên; Thượng nguyên tức giai đoạn đầu có 12 Hội, Trung nguyên là giai đoạn giữa có 12 Hội, Hạ nguyên là giai đoạn cuối có 12 Hội; mỗi Hội thời gian là 10.800 năm. Thượng nguyên là lúc Diêu Trì Kim Mẫu bắt đầu tạo lập trời đất; lúc bấy giờ có 96 ức Linh căn xuống trần, đến nay đã trải qua đời Thượng nguyên, Trung nguyên và sắp hết đời Hạ nguyên mà chỉ có 4 ức Linh căn trở về với mẹ. Như vậy còn 92 ức Linh căn, số lượng quá nhiều, đang chìm trong biển trầm luân, đời mạt kiếp sắp tới, Bồ Tát Di Lặc sẽ xuống trần lập Hội Long Hoa, tế độ tất cả các Linh căn đó.

Chùa Minh Sư có hai chữ Phật Đường sau tên chùa, thờ Diêu Trì Kim Mẫu, Ngọc Hoàng Thượng đế, Tam giáo Thánh nhân (Đức Thích Ca Văn Phật, Đức Khổng Tử Chí Thánh, Đức Thái Thượng Đạo Tổ) và chư Phật Thánh Tiên; trước điện thờ có treo vòng Vô Cực Huyền Đăng (vòng tròn bằng đồng, chính giữa là ngọn đèn dầu được thắp sáng liên tục), phía dưới là bình tịnh thủy. Tôn chỉ, mục đích là tự tu, tự độ, tự tha thuần túy tu hành, tu giải thoát, nhằm hiệp nhất tinh hoa của ba nền tôn giáo lớn Nho - Thích - Đạo để tìm lại cội gốc là Đạo (qui nguyên Tam giáo).[2]